Il nome della Riserva si riferisce al fatto che l?ampio tratto di mare interessato è separato dal resto del Mediterraneo grazie ad un grande frangiflutti naturale, l?Isola Grande, che rende le sue acque placide e tranquille. All?interno della laguna è presente un piccolo arcipelago di isolette: isola Grande, Mothia, S. Maria e il piccolo scoglio di Schola, così chiamata per la convinzione popolare che in epoca romana vi fosse una scuola di retorica.